在剛果民主共和國(DRC)發(fā)現(xiàn)了第1種廣泛耐藥(XDR)的鼠傷*(一種病原體，它是撒哈拉以南非洲每年造成數(shù)百萬血流感染的病原體)。耐藥性已經(jīng)在連續(xù)組增加S.鼠傷寒隨時間。這些新菌株對剛果民主共和國的一種常用藥物具有抗藥性，其中一種樣品對這種終抗生素的敏感性降低。
這項研究于今天(2019年9月19日)在Nature Communications上發(fā)表，由安特衛(wèi)普熱帶醫(yī)學(xué)研究所(ITM)，剛果民主共和國國家研究所(INRB)，威康桑格研究所，大學(xué)的研究人員進(jìn)行。劍橋大學(xué)及其合作者。調(diào)查結(jié)果表明，S.鼠傷*已經(jīng)在撒哈拉以南非洲的發(fā)展在過去的幾十年，并繼續(xù)這樣做。需要采用多方面的方法來追蹤和控制XDR沙門氏菌的傳播，包括進(jìn)一步的微生物和基因組監(jiān)測。
大多數(shù)沙門氏菌感染導(dǎo)致與食物中毒相關(guān)的癥狀。雖然令人不快，但在絕大多數(shù)病例中癥狀不會危及生命。但在撒哈拉以南非洲，沙門氏菌如S.鼠傷*可引起血液，被稱為侵入非傷寒感染沙門氏菌(整數(shù))感染。
每年，INTS感染估計影響到340萬人，并導(dǎo)致死亡681316 *，其中大部分是由引起S.鼠傷*。在剛果民主共和國等地區(qū)對iNTS感染的控制和治療由于獲得醫(yī)療保健，基礎(chǔ)設(shè)施面臨的挑戰(zhàn)和免疫力下降而變得復(fù)雜，五歲以下的兒童尤其處于危險之中。
已知的是，在撒哈拉以南非洲的整數(shù)感染是由一種類型的主導(dǎo)S.鼠傷寒稱為ST313，其與抗生素抗性相關(guān)。兩組ST313(命名為血統(tǒng)I和II)獨立分裂，隨后分布在非洲大陸。隨著時間的推移，抗生素耐藥性一直在增長，血管II現(xiàn)在是iNTS感染的主要原因。
現(xiàn)在，研究伙伴關(guān)系正在努力了解沙門氏菌ST313如何繼續(xù)發(fā)展和發(fā)展耐藥性。對收集到的來自剛果(金)人民醫(yī)院疑似血流感染的血液樣本的工作，從INRB和ITM研究人員觀察到的抗生素抗性水平從未見過S.鼠傷*引起血流感染，包括對抗生素*抗性-通常在儲備中持有的藥物案例其他證明無效**。
為了更好地理解這些發(fā)現(xiàn)，這些菌株進(jìn)行了基因組測序和分析，包括ITM和Wellcome Sanger研究所的生物信息學(xué)分析和實驗室實驗，以及基因組病原體監(jiān)測中心(CGPS)的機(jī)器學(xué)習(xí)分析。這些分析S.鼠傷*基因組確定了從ST313分支的新亞集團(tuán)，命名譜系II.1。據(jù)估計，這一新組織于2004年出現(xiàn)，具有廣泛的耐藥性(XDR)。
來自Wellcome Sanger研究所的熱帶醫(yī)學(xué)研究所和訪問科學(xué)家的研究的第1作者Sandra Van Puyvelde博士說：“所有抗生素抗性基因都有助于'XDR'存在于同一質(zhì)粒上。這令人擔(dān)憂，因為質(zhì)粒是一種可以轉(zhuǎn)移到其他細(xì)菌的移動遺傳因素。在積累更多的抗生素抗性的同時，我們發(fā)現(xiàn)新的鼠傷*系也顯示出進(jìn)一步的遺傳和行為變化，這表明細(xì)菌正在進(jìn)化為血流感染。
研究人員還研究了路S.鼠傷*是適應(yīng)侵入性“生活方式”，從形式移開沙門氏菌引起對導(dǎo)致撒哈拉以南非洲的危險侵入血流感染的各類腸胃疾病。除實驗室實驗外，還使用機(jī)器學(xué)習(xí)算法對樣本進(jìn)行測試，該算法旨在尋找沙門氏菌DNA中的特征模式，以指示可能導(dǎo)致危險的侵入性感染。
位于Wellcome Sanger研究所的基因組病原體監(jiān)測中心的生物信息學(xué)家Nicole Wheeler博士說：“在實驗室中，我們觀察到我們在其他侵入性沙門氏菌中看到的這一新的鼠傷*的變化。什么是作為生物信息學(xué)家，有趣的是我們已經(jīng)能夠使用機(jī)器學(xué)習(xí)來獲取這些變化。希望在不久的將來，我們將能夠以更具預(yù)測性的角色部署機(jī)器學(xué)習(xí)，以幫助控制機(jī)器學(xué)習(xí)的出現(xiàn)和傳播。細(xì)菌的耐藥菌株如S.鼠傷*“。
INRB和ITM已經(jīng)在過去的十年里它一直是舉足輕重的在早期發(fā)現(xiàn)的XDR建立血液感染監(jiān)測S.鼠傷*。
剛果民主共和國INRB的Octavie Lunguya教授說：“在我們的血液感染監(jiān)測活動中，我們從剛果民主共和國醫(yī)院的患者中分離出鼠傷*。現(xiàn)在，我們必須密切監(jiān)測細(xì)菌及其進(jìn)展。”
來自劍橋大學(xué)的Gordon Dougan教授說：“這樣的研究是獨1無2的，因為我們正在通過深入的生物學(xué)研究在世界各地醫(yī)院觀察到的重要的健康問題之間架起橋梁，我們應(yīng)用技術(shù)。像這樣的合作是關(guān)鍵，將來對于了解新出現(xiàn)的疾病將是非常重要的。“
