外顯子測序?qū)嶒炌獍?wù)是對定向富集的基因組DNA進行高通量測序，它能夠以相對低的費用對人類外顯子組進行拷問。2009年，外顯子組捕獲工具的出現(xiàn)，讓外顯子組測序這種技術(shù)迅速紅起來。到目前為止，已有超過1萬個外顯子組被測序。

一、外顯子測序?qū)嶒炌獍?wù)介紹

外顯子組測序（exome-seq）是對定向富集的基因組DNA進行高通量測序，它能夠以相對低的費用對人類外顯子組進行拷問。2009年，外顯子組捕獲工具的出現(xiàn)，讓外顯子組測序這種技術(shù)迅速紅起來。到目前為止，已有超過1萬個外顯子組被測序。

如今有多家公司推出了外顯子組捕獲試劑，包括羅氏NimbleGen、安捷倫、Illumina，還有zui近的華大基因。這些方法究竟孰優(yōu)孰劣，斯坦福大學(xué)醫(yī)學(xué)院遺傳學(xué)系的研究人員對市場上三個主流的外顯子組測序平臺進行了比較。該研究結(jié)果發(fā)表在《Nature Biotechnology》上。研究人員利用安捷倫、Illumina和NimbleGen的外顯子組測序平臺對同一個人類血液樣品進行分析。他們的結(jié) 果表明，NimbleGen平臺作為*一個使用高密度重疊探針的平臺，盡管覆蓋了較少的基因組區(qū)域，但在靈敏檢測小的變異時所需的測序量也zui少。在同樣獲得80M測序數(shù)據(jù)的情況下，NimbleGen有97%的目標序列達到10x以上的測序深度，而其他產(chǎn)品只有90%。而安捷倫和Illumina的探針能夠在低密度下捕獲更多數(shù)量的變異。此外，Illumina還捕獲了未翻譯的區(qū)域，這是NimbleGen和安捷倫平臺無法靶定的。研究人員還比較了同一樣品的外顯子組測序和全基因組測序（WGS），顯示外顯子組測序能夠檢測到WGS錯過的小變異。

除了文中提到了三個主流平臺，外顯子組捕獲方面的新產(chǎn)品也在不斷推出，研究人員的選擇也將更廣泛。羅氏NimbleGen即將推出新一代的外顯子液相捕獲產(chǎn)品。這一新產(chǎn)品將可捕獲64M的基因組序列，包括所有外顯子以及miRNA，它含與其他NimbleGen液相捕獲產(chǎn)品相同的2.1M高密度探針，以確保高效、均一、特異、全面的定向捕獲。

為了讓研究人員更輕松更經(jīng)濟地利用定向外顯子組測序，Illumina提供了TruSeq Exome EnrichmentKit，一種溶液型的序列捕獲方法，利用雜交選擇分離出人類基因組中的目的外顯子區(qū)域。TruSeq Exome Enrichment Kit提供了迄今為止zui為全面的外顯子組覆蓋度。

二、外顯子測序?qū)嶒炌獍?wù)分析項目

標準分析項目

1. 數(shù)據(jù)質(zhì)控和篩選

2. 與參考基因組比對，得到測序深度Reads分布和覆蓋度統(tǒng)計

3.SNP、small Indel檢測

4.SNP、small Indel矯正

外顯子測序?qū)嶒炌獍?wù)

高級分析項目

可信位點篩選；

體細胞突變位點篩選（癌癥）

位點注釋（鄰近基因區(qū)域與功能注釋、鄰近結(jié)構(gòu)域注釋、鄰近順勢調(diào)控區(qū)域注釋、編碼區(qū)內(nèi)位點的變異類型；變異位點保守性檢測、變異位點風(fēng)險評估）

數(shù)據(jù)集圖片類型統(tǒng)計（多樣本）

變異位點區(qū)域分布（多樣本）

高頻變異位點/基因統(tǒng)計（多樣本）

GWAS分析（大樣本量）