RNA-seq即轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)，就是把mRNA，smallRNA，and NONcoding RNA等或者其中一些用高通量測序技術(shù)把它們的序列測出來。反映出它們的表達(dá)水平。

RNA-seq高通量測序技術(shù)，也就是下一代測序技術(shù)已經(jīng)成為現(xiàn)代生物學(xué)研究的一個較為常規(guī)的實驗手段了。這一技術(shù)的發(fā)展*地推動了基因組學(xué)，表觀基因組學(xué)以及翻譯組學(xué)的研究。RNA-seq通過測定穩(wěn)定狀態(tài)下的RNA樣品的序列來對RNA樣品進(jìn)行研究，從而避免了許多之前研究手段的不足，比如象基因芯片或者PCR就需要背景知識。而且RNA-seq還可以觸及以前無法研究的領(lǐng)域，比如復(fù)雜結(jié)構(gòu)的轉(zhuǎn)錄體。RNA-seq可以應(yīng)用于以下幾個方面的研究，1. SNPs；2. novel transcripts；3. alternative splicing；4. RNA editing。無論如何，使用RNA-seqzui多的還是比較兩組樣品基因水平表達(dá)差異，比如野生型與突變型，用藥組與對照組，不同組織之間，癌細(xì)胞與正常細(xì)胞，等等。我們把這種基因水平差異表達(dá)，簡稱為DE (differential expression，注，不是ED啊???)。

常用的RNA-seq操作平臺有Illumina GA/ HiSeq, SOLiD 還有Roche 454。它們都是提取RNA后，純化，打碎，逆轉(zhuǎn)錄成cDNA，然后測序。測序的結(jié)果被稱為short reads，短序。通常一個短序的長度為25-300bp之間。如果測序只測一端可能會帶來比對時的困難，于是這些操作平臺提供了兩端都測的辦法，這樣的結(jié)果成對出現(xiàn)，中間有一定的間隔，但是因為測序長度一下子提高了一倍，所以比對會精準(zhǔn)很多。人們把這種測序結(jié)果稱為’paired-end’ reads，成對短序。一般來講，測序結(jié)果會直接轉(zhuǎn)換成一行一行的由字母組成的短序列，可能是fasta,fastq等等不同格式。

一般的來講，RNA-seq后DE的工作流程是這樣的（圖1），首先，將短序映射到基因組相應(yīng)的位置上去，其次，對映射的結(jié)果進(jìn)行基因水平，外顯子水平，以及轉(zhuǎn)錄水平的拼接，而后對結(jié)果進(jìn)行數(shù)據(jù)統(tǒng)計，標(biāo)準(zhǔn)化之后生成表達(dá)水平報告文件，zui后由生物學(xué)者依據(jù)系統(tǒng)生物學(xué)相關(guān)知識，來對數(shù)據(jù)結(jié)果進(jìn)行分析。

RNA-seq分析工作流程

RNA-seq服務(wù)內(nèi)容：大數(shù)據(jù)分析，整體課題的分解，真實的實驗數(shù)據(jù)，完整的實驗報告及分析。