BD Rhapsody單細(xì)胞表達(dá)分析儀,免疫靶向檢測(cè)
BD開發(fā)的RhapsodyTM 單細(xì)胞分析系統(tǒng)與傳統(tǒng)的全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析（WTA）相比，可以同時(shí)處理12個(gè)樣本，極大程度節(jié)省了實(shí)驗(yàn)時(shí)間和成本。并且可以區(qū)分異質(zhì)細(xì)胞，沒有傳統(tǒng)方法取單細(xì)胞混合樣本平均值的劣勢(shì)。除了需要上illumina系統(tǒng)進(jìn)行測(cè)序之外，全轉(zhuǎn)錄組分析的細(xì)胞處理，RNA提取純化和文庫制備等步驟，RhapsodyTM 單細(xì)胞分析系統(tǒng)都能完成。
數(shù)千個(gè)單細(xì)胞數(shù)百個(gè)基因的平行分析
單細(xì)胞 RNAseq 正在改變我們對(duì)細(xì)胞的理解。BDRhapsody™單細(xì)胞分析系統(tǒng)基于 BD 在細(xì)胞生物學(xué)領(lǐng)域 40年的專業(yè)技術(shù)，滿足您的實(shí)驗(yàn)需求，在單細(xì)胞水平理解細(xì)胞形態(tài)和功能。
這種全新的分析系統(tǒng)克服了傳統(tǒng)檢測(cè)的局限性，例如微陣列和大量細(xì)胞 RNAseq，這些檢測(cè)通過實(shí)現(xiàn)對(duì)各個(gè)細(xì)胞之間的微妙差異的觀察，依賴于對(duì)多個(gè)細(xì)胞的平均檢測(cè)。用戶可以鑒定和表征新型和罕見細(xì)胞類型，其進(jìn)一步幫助理解從免疫學(xué)到腫瘤學(xué)等多個(gè)領(lǐng)域內(nèi)的生物學(xué)過程。
BD Rhapsody單細(xì)胞分析系統(tǒng)能夠?qū)Τ汕先f個(gè)單細(xì)胞的數(shù)百個(gè)表達(dá)基因進(jìn)行數(shù)字定量，提供足夠靈活的定制測(cè)定法以滿足任何實(shí)驗(yàn)需要，其有效系統(tǒng)可縮短實(shí)驗(yàn)時(shí)間和降低測(cè)序成本。
產(chǎn)品特點(diǎn)
捕獲并分離細(xì)胞，通過磁珠對(duì)細(xì)胞和mRNA轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行分類
The BD Rhapsody cartridge enables single-cell capture and indexing of cells and mRNA transcripts on magnetic beads.
分子標(biāo)簽可以克服PCR偏差
Patented technology assigns unique cell and molecular indices to generate more accurate transcript quantification.
可以定制靶向組合（panel）
Characterize novel and rare cell types using custom or predesigned targeted gene panels.
提供數(shù)據(jù)分析工具
The BD Rhapsody system provides all the tools needed to analyze, visualize and understand your data.
BD Rhapsody系統(tǒng)主要應(yīng)用的靶向基因檢測(cè)試劑盒（panel）
靶向方法有助于提高單細(xì)胞測(cè)序效率，并推動(dòng)對(duì)當(dāng)今一些挑戰(zhàn)性的科學(xué)領(lǐng)域的進(jìn)一步探索。BD經(jīng)驗(yàn)證的檢測(cè)試劑盒（panel）顯示穩(wěn)定且可重現(xiàn)的細(xì)胞異質(zhì)性陣列，可用于探索與眾多應(yīng)用相關(guān)的細(xì)胞類型。BD Rhapsody 系統(tǒng)包括以下檢測(cè)試劑盒（panel）：
□ BD Rhapsody Onco-BC 靶向檢測(cè)試劑盒（panel） – 與乳腺癌和免疫細(xì)胞相關(guān)的 400 個(gè)基因
□ BD Rhapsody 免疫反應(yīng)檢測(cè)試劑盒（panel） – 免疫細(xì)胞類型譜分析
□ BD Rhapsody T-細(xì)胞靶向檢測(cè)試劑盒（panel）
□ BD Rhapsody 補(bǔ)充檢測(cè)試劑盒（panel）
□ BD Rhapsody 自定義檢測(cè)試劑盒（panel）
更有效的測(cè)序可以更低的成本實(shí)現(xiàn)更高的通量
由于與高通量實(shí)驗(yàn)方法相關(guān)的測(cè)序成本，單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)往往非常昂貴。BD Rhapsody 單細(xì)胞分析系統(tǒng)設(shè)計(jì)有多個(gè)功能，可以更有效地利用測(cè)序來降低實(shí)驗(yàn)成本。
靶向測(cè)定 - 由于檢測(cè)靈敏度的提高，特定的基因組合方法可使用少量的時(shí)間和成本，幫助產(chǎn)生類似于全轉(zhuǎn)錄組分析（Whole Transcriptome Analysis，WTA）測(cè)定的結(jié)果。這種方法還提高了 UMI 計(jì)數(shù)效率，從而極大程度的節(jié)省了實(shí)驗(yàn)時(shí)間和成本。
儲(chǔ)存 - 從樣本中得到的完整 cDNA 可在磁珠上穩(wěn)定存儲(chǔ)，允許將珍貴樣本保存長(zhǎng)達(dá) 16 周。這可使用戶在時(shí)間允許的情況下靈活地對(duì)樣本進(jìn)行測(cè)序，并通過對(duì)儲(chǔ)存的磁珠池進(jìn)行等分或分樣來實(shí)現(xiàn)同一樣本的多個(gè)測(cè)定。
分樣 - 在磁珠上儲(chǔ)存的 cDNA可以分成一個(gè)或多個(gè)等分試樣，并使用定制或預(yù)先設(shè)計(jì)的組合（panel）進(jìn)行擴(kuò)增。通過提供對(duì)部分樣本進(jìn)行測(cè)序的選項(xiàng)和對(duì)樣本不同組合（panel）進(jìn)行測(cè)試的靈活性，分樣可降低成本。
干細(xì)胞-：
系統(tǒng)組件
□ BD Rhapsody 掃描儀
□ BD Rhapsody 上樣臺(tái)
□ BD Rhapsody 卡式芯片
□ 分子標(biāo)簽試劑和文庫制備
□ 特定應(yīng)用的靶向檢測(cè)試劑盒（panel）
□ 生物信息學(xué)工具
BD Rhapsody系統(tǒng)工作流程：?jiǎn)渭?xì)胞端到端分析
1. 單細(xì)胞分離并捕獲mRNA。
2. cDNA合成，UMI標(biāo)記轉(zhuǎn)錄本。
3. cDNA擴(kuò)增，制備文庫
4. Illumina測(cè)序儀測(cè)序
5. 數(shù)據(jù)分析。
單細(xì)胞分離和mRNA標(biāo)記流程
1.在微孔中，一個(gè)細(xì)胞與一個(gè)條碼標(biāo)記磁珠匹配
2.裂解細(xì)胞將 mRNA與磁珠上條碼標(biāo)記的捕獲寡核苷酸雜交
3.磁珠回收
4.cDNA 合成
5.測(cè)序和構(gòu)建單細(xì)胞基因表達(dá)譜
組件
掃描儀和上樣臺(tái)
掃描儀掃描每個(gè)cartridge，它的微孔內(nèi)含細(xì)胞和磁珠。包括活細(xì)胞或死細(xì)胞，微孔含單細(xì)胞或成對(duì)細(xì)胞。
上樣臺(tái)：簡(jiǎn)單、實(shí)惠、便攜；適合放置組織培養(yǎng)物。
單細(xì)胞單基因索引
同時(shí)標(biāo)記細(xì)胞和mRNA
當(dāng)對(duì)序列讀取進(jìn)行計(jì)數(shù)時(shí)，PCR 擴(kuò)增偏差可導(dǎo)致基因定量不準(zhǔn)確。BD 的分子標(biāo)簽（UMI）技術(shù)為單個(gè)細(xì)胞的單個(gè)基因分配了*的分子索引，也稱為“分子條形碼"。實(shí)驗(yàn)者可借此克服擴(kuò)增偏差，更準(zhǔn)確地計(jì)算轉(zhuǎn)錄水平。
從左到右依次為
磁珠
Univ：Universal Illumina adapter sequence。通用illumina接頭序列。
CL：Cell specific sequence細(xì)胞特異序列。同磁珠上的寡核苷酸相同。大約有88.5萬種細(xì)胞標(biāo)記。
UMI：Unique molecular index。每個(gè)mRNA分子有相同標(biāo)簽。UMIs種類：約6.6萬。數(shù)字定量mRNAs，并且克服PCR擴(kuò)增偏差。
Poly-dT：mRNA尾連接。
數(shù)據(jù)自動(dòng)分析
Complete analysis pipeline 分析通道
Provide visualization tool 可視化工具
Minimal bioinformatics knowledge required 信息學(xué)知識(shí)要求低
Output data compatible with variety of secondary analysis tools輸出數(shù)據(jù)與多種二級(jí)分析工具兼容
Data processing transparency 數(shù)據(jù)處理過程透明
Local and cloud based 本地和云端數(shù)據(jù)
installation options 可選安裝
靈活選擇Panel
已有panel：~400 targets selected and wet lab validated
乳癌 人T細(xì)胞表達(dá) 免疫反應(yīng)panels（人和鼠）
補(bǔ)充panel：按需增加100個(gè)額外targets
Customize pre-designed or custom base panels with additional targets
Enhance coverage or correct issues easily and cost effectively
Expand panels and explore unexpected targets iteratively, based on experimental results
定制基礎(chǔ)panel ：~100 – 500 targets per panel selected by users or with help from BDG
Easy to use web tool for target selection and primer design for in silico verification Human and Mouse
BD Rhapsody 免疫反應(yīng)檢測(cè)試劑盒（panel） – 免疫細(xì)胞類型譜分析
BD Rhapsody™ Immune Response Targeted Panel (Human)
Targeted human immune gene panel for the BD Rhapsody Single-Cell Analysis System
•經(jīng)過驗(yàn)證的靶向檢測(cè)panel，專注于與人類免疫細(xì)胞表型相關(guān)的基因
•與3'全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序方法相比，靶向測(cè)序方法需要的reads少很多
•可重復(fù)的分析方法適合多種應(yīng)用
人體免疫系統(tǒng)是一種復(fù)雜的器官和細(xì)胞類型的防御網(wǎng)絡(luò)，能夠抵抗病原體，環(huán)境抗原和癌癥。 免疫應(yīng)答包括多種細(xì)胞相互間的復(fù)雜作用。 這些細(xì)胞參與外來病原體或細(xì)胞的監(jiān)視和識(shí)別，炎癥信號(hào)的分泌和募集，特定的適應(yīng)性免疫細(xì)胞的協(xié)調(diào)和擴(kuò)增以及用于免疫記憶和抗體產(chǎn)生的適應(yīng)性細(xì)胞的成熟。了解這些過程如何正常發(fā)揮功能和調(diào)節(jié)異常是理解諸如炎癥，感染和癌癥等疾病的基礎(chǔ)。
• Validated panel focuses on genes relevant to phenotyping human immune cells
• Targeted sequencing approach requires dramatically fewer reads than a 3’ whole transcriptome sequencing approach
• Reproducible assay empowers numerous applications
The human immune system is an intricate defense network of organs and cell types that protect against pathogens,environmental antigens and cancer. The immune response consists of complex interactions among several cell types. These cells are involved in surveillance and recognition of foreign pathogens or cells, secretion and recruitment of inflammatory signals, coordination and expansion of specific adaptive immune cells, and maturation of adaptive cells for immune memory and antibody production. Understanding how these processes function normally and in instances of dysregulation are fundamental to understanding such diseases as inflammation, infection and cancer.
