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液體處理專家如何自動化、標準化捕獲測序文庫制備

來源: 貝克曼庫爾特商貿(mào)(中國)有限公司    2020年10月12日 14:26  
  目標區(qū)域捕獲測序技術(shù),是根據(jù)已知特定基因組區(qū)域序列設(shè)計寡核苷酸探針,通過雜交將目標區(qū)域捕獲富集進行二代測序。其針對目標區(qū)域深度測序,增加了檢查靈敏度和準確性。既滿足研究需求,又降低測序成本,在科研、臨床中均備受關(guān)注。
 
  液體處理專家貝克曼庫爾特推出Biomek 自動化捕獲測序方案,幫助您實現(xiàn)自動化、標準化的捕獲測序。 由自動化工作站進行基因捕獲,可以減少手工操作時間,提高工作效率,增加結(jié)果的重復(fù)性和均一性。 Biomek工作站可實現(xiàn)從核酸提取,文庫構(gòu)建,定量混樣到捕獲的整體實驗流程。
 
  Figure 1. 捕獲測序文庫構(gòu)建自動化流程
 
  由Biomek成功自動化的雜交捕獲試劑盒:
 
   Agilent HaloPlex™ Target Enrichment - Ion Torrent
   Agilent SureSelect XT®
   Epicentre ScriptSeq® Complete Gold Low Input
   Illumina Nextera® Rapid Capture
   Illumina TruSeq® Exome
   Illumina TruSeq® Rapid Exome
   Illumina TruSight® Cancer
   Illumina TruSight® Tumor 15
   Illumina TruSight® Tumor 170
   IDT xGen® Exome Research Panel
   NEB NEBNext Direct™ Cancer HotSpot Panel
   Roche Nimblegen SeqCap EZ® for Illumina NGS
Biomek自動化捕獲測序數(shù)據(jù)展示
 
  Figure 2. IDT xGen® Exome Research Panel試劑盒捕獲測序文庫制備。
 
  上圖: 片段分析,其中主峰1和2為雜交捕獲后cfDNA目標片段峰;
 
  下圖:Qubit Fluorometric Quantification核酸定量結(jié)果。
 
  Figure 3. IDT xGen®雜交捕獲試劑盒歷史手工數(shù)據(jù)vs.
 
  Biomek i7自動化工作站完成數(shù)據(jù)。A. 平均中靶率,B. 重復(fù)率,C. 覆蓋度,D. GC偏移。
 
  Biomek向?qū)杰浖僮鹘缑?/strong>
 
  在軟件操作界面上用戶可以選擇樣本數(shù)量,是否使用臺面整合的PCR儀,以及運行工作流程的哪個部分。此外,具備臺面自動校對功能,當(dāng)操作人員完成耗材擺放后,工作站可根據(jù)攝像頭拍攝,自動判定耗材擺放是否正確,對錯誤擺放位置進行提示。避免由于人為擺放耗材錯誤,導(dǎo)致設(shè)備碰撞或試劑、時間損失。
 
  Figure 4. 向?qū)杰浖僮?,IDT xGen® 雜交捕獲試劑盒方法選擇界面。
 
  Biomek自動化捕獲測序——實踐速度與通量的飛躍
 
  Figure 5. 完成 24/48/96個樣本的自動化IDT xGen®雜交捕獲測序文庫制備預(yù)估耗時。

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